針灸歷史悠久。針和灸是兩個不同的概念：「針」是針刺，指用針刺入人體穴位治病；「灸」是艾灸，指用火點燃艾炷或艾條，燒灼穴位，將熱力透入肌膚，溫通氣血。古書中多次提到針剌的原始工具是石針，稱為砭石。這種砭石大約出現在距今八千到四千年前的新石器時代。中國在考古中曾發現砭石實物。此外，古代還有骨針、竹針等材質的針。到春秋時期，醫學逐漸擺脫巫的束縛，有了專業醫生。據《左傳》記載，名醫醫緩為晉景公診病時，曾說「攻之不可，達之不及，藥不到焉，不可為之」。這裡的「達」與「攻」指的就是針剌和火灸。
戰國時期成書的《黃帝內經》奠定了針灸理論的核心體系。同時，隨著煉鐵技術的進步，金屬針得到推廣。我們現在所能見到的最早古代針灸用金屬針，是1968年河北滿城西漢劉勝墓出土的九根金銀針。這以後，金屬針替代了砭石，針刺的實用範圍擴大，發展進程加快。東漢、三國時期，出現了許多擅長針灸的醫學家，其中，晉代皇甫謐所著的《針灸甲乙經》，在《黃帝內經》的基礎上，進一步整理和完善了針灸理論。兩晉、南北朝時期，針灸專著明顯增多，針灸傳到朝鮮、日本。
隋唐時期，針灸發展成為專門學科，當時的醫學教育機構太醫署設有針灸專業。隨後，針灸學術不斷向縱深發展。明代楊繼洲的《針灸大成》彙集了歷代針灸成果，堪稱集大成之作。16世紀，針灸開始被介紹到歐洲。但是到了清代，醫者重藥輕針，在一定程度上延緩了針灸的發展。
