公元前221年，秦始皇統一中國，秦王朝成爲中國第一個中央集權的封建帝國。在這樣的歷史條件下，封建的政治制度也向前發展到一個新的階段。這時期，封建地主階級爲了加強中央集權和君主專制的統治，在職官制度上確立了中央朝廷的三公九卿制。三公九卿制在秦朝只是初具規模，由於秦王朝的短命，這一制度在西漢時得到進一步的調整和完善。
秦王朝總結了戰國以來各國的官僚制度，建立起了一套適應封建統一國家需要的中央政府機構，以協助皇帝領導全國，並處理庶政，這就是「三公九卿」制度。是秦始皇接受李斯建議而制定的，以皇帝爲尊，下設三公九卿。
三公是指丞相、太尉、御史大夫。丞相，丞相是「百官之長」，承受皇帝之命，輔助皇帝掌管天下的行政的官。秦朝設左、右丞相，以右爲尊。太尉掌管軍事的最高官吏。御史大夫其地位相當於副丞相，主要職責是管理圖籍、奏章，監察文武百官。三公之下設九卿，九卿是指奉常、郎中令、衛尉、太僕、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府。九卿作爲中央行政機關分掌具體行政事務，如祭祀、禮儀、軍事、行政、司法、文化教育等。九卿之外，還有列卿，如中尉、將作少府等。三公和九卿以及列卿等，都各有自己的府寺，以處理日常事務。大事總匯於丞相，或最後請皇帝裁決。
秦始皇設立三公九卿制度，爲封建專制主義中央集權國家制度的建立創造了雛形，對以後的曆代封建王朝的建立，有着重要的影響。
