康熙四十八年（1709年），康熙帝（即清聖祖玄燁）將北京西北郊暢春園北一里許的一座園林賜給第四子胤禛，並親題園額「圓明園」。
雍正三年（1725年），雍正帝（即清世宗胤禛）在圓明園南面增建宮殿衙署，佔地面積由原來的六百餘畝擴大到三千餘畝。此後，圓明園不僅是清朝皇帝休憩遊覽的地方，也是他們朝會大臣、接見外國使節、處理日常政務的場所。
乾隆帝（即清高宗弘曆）即位後，在圓明園內調整了園林的景觀，增添了建築組群，並在圓明園的東鄰和東南鄰興建了長春園和綺春園（同治時改名萬春園）。這三座園林，均屬於圓明園管理大臣管理，稱圓明三園。並且，在郎世寧、王志誠、蔣友仁的攜手努力下，在長春園北面建造了中西合璧的西洋樓景區。圓明園也開創了中國歷史上將西方園林藝術融入中國古典皇家園林的先例。
咸豐十年（1860年）8月，英法聯軍攻入北京。10月6日，佔領圓明園。從第二天開始，軍官和士兵就瘋狂地進行搶劫和破壞。為了迫使清政府盡快接受議和條件，英國公使額爾金、英軍統帥格蘭特以清政府曾將英法被俘人員囚禁在圓明園為藉口，命令米切爾中將於10月18日率領侵略軍三千五百餘人直趨圓明園，縱火焚燒。這場大火持續了三天三夜。
同治年間（1750---1949年），同治帝準備修復圓明園,供慈禧太后居住。後因財政困難，被迫停止，改建其他建築。1900年，八國聯軍侵入北京，圓明園又一次遭到破壞。清朝覆滅後，一些軍閥、政客、官僚，紛紛從圓明園盜運建築材料，圓明園遺址遭到進一步破壞。
民國初期走馬燈一樣更迭的軍閥，都把圓明園作為取之不盡的建築材料場，溥儀時期的檔案留下了不少無奈的記錄：「軍人押車每日10餘大車拉運園中太湖石。」實際上，拆賣的情況遠比檔案中記載的嚴重得多。徐世昌拆走圓明園屬鳴春園與鏡春園的木材，王懷慶拆毀園中安佑宮大牆及西洋樓石料。從此，圓明園廢墟凡能作建築材料的東西，從地面的方磚、屋瓦、牆磚、石條，及地下的木釘、木樁、銅管道等全被蒐羅乾淨，斷斷續續拉了20多年！1940年以後的日寇佔領時期，北京糧食緊張，於是獎勵開荒。從這時起，農戶陸續入園平山填湖，開田種稻。圓明園這處在清初盛世歷經150餘年苦心經營的湖山之勝，面目全非。
中華人民共和國成立後，1976年正式成立圓明園管理處之後，遺址保護、園林綠化有明顯進展，西洋樓一帶得到局部清理和整理，1983年，經國務院批准的《北京城市建設總體規劃方案》，明確把圓明園規劃為遺址公園。同年，北京市政府撥出專款，修復了長春園的東北南三面2,300米圍牆。1984年12月動工整修福海，歷時7個月。1985年冬整修綺春園山形水系，至次年初夏完成。並修建園路橋涵和園林服務設施，清整古建基址，進行綠化美化。福海中心蓬島瑤台東島的「瀛海仙山」亭和西島庭院，綺春園的新宮門，以及西洋樓的萬花陣，均在原址照原樣修復。後又經兩年整修，1988年6月29日，正式向社會開放。
2000年，《圓明園總體規劃》獲國家文物局正式批覆，《圓明園遺址保護專項規劃》審批。2008年11月20日通過國家旅遊局4A景區評審。2010年10月12日，榮獲「北京新十六景」之一，成為最新的代表京都魅力的16張名片之一。
