北京鐘鼓樓始建於元代至元九年(即公元1272年),當時位置處於在大都城(即今北京)的中心,後毀於火,元成宗大德元年(公元1297年)重建之後又毀於火。明永樂十八年(公元1420年)重建鐘鼓樓,並確立了其位於都城南北中軸線北端的地位。後相繼毀於火。嘉靖十八年(1539年)鼓樓遭雷擊起火,第三次重修。清乾隆十年(1745年)再次重建鐘樓。鐘鼓樓在清代歷經修復,所見到的鼓樓建於明代,鐘樓則建於清代。1932年和1941年前後,為保護建築並有效地利用,對鐘鼓樓進行了不同規模的修繕。1984年國家撥款對鐘鼓樓進行大規模的修繕,1986年成立鐘鼓樓文物保管所,負責該文物建築的保護管理與利用。
隨著歷史的發展,鐘鼓樓的功能也在不斷地發生變化。在元、明、清三朝,鐘鼓樓作為古都的報時中心,鼓樓置鼓,鐘樓懸鐘,「晨鐘暮鼓」循律韻通。昔日文武百官上朝,百姓生息勞作均以此為度。過去,鐘、鼓樓的報時之職由清宮鑾儀衛承擔,1924年清朝最後一個皇帝溥儀離開紫禁城後,鐘鼓樓便失去了報時功能。1924年,為使民眾勿忘八國聯軍侵入北京的國恥,鼓樓易名為「明恥樓」,後恢復原稱「齊政樓」。1925年在鼓樓成立了「京兆通俗教育館」,隨後鐘樓開設民眾電影院,至此鐘鼓樓開始向民眾教育功能轉變。1957年,鐘鼓樓被列為第一批市級文物保護單位。1984年鐘鼓樓進行建國後的首次大規模修葺,1987年鼓樓對外開放,1989年鐘樓開始接待遊客參觀。1996年,鐘鼓樓被列為全國重點文物保護單位。