上古時期，黃帝為了和蚩尤爭奪天下，於是便進行了很長時間的戰鬥，因為雙方的實力都差不多，所以兩軍一直都沒有分出勝負。黃帝的心裡十分著急，如果再這麼打下去，那麼將會犧牲更多的士兵，所以黃帝的心中憂慮萬分。有一天晚上，黃帝睡覺的時候做了一個夢，夢裡的九天玄女娘娘告訴黃帝，當九星兩成一條線的時候，地上會出現奇點和吉門，這時候便可以用法術來打敗蚩尤了。
黃帝醒來以後，便立即將睡夢中所學到的這些東西都記錄了下來，寫成了一本書，這便是流傳後世的《奇門遁甲》。黃帝又卜了一個好日子，然後派人造了一個高台，在台上祭祀，並且將九天玄女的那些東西都運用了起來，最後對蚩尤的軍隊展開了全面的進攻。
蚩尤看見黃帝來勢洶洶，立即施法，讓戰場上充滿了大霧，想要靠大霧來打敗黃帝。黃帝利用昨晚睡夢中的法術，立即就辨別了方向，並且依靠這所謂的奇門遁甲打敗了蚩尤。黃帝看見這奇門遁甲如此神奇，於是便叫風后把它們都刻在了甲骨上，永久的保存了下來。風后也是一個精通天文地理的人，在刻這些文字的時候，對黃帝所悟出來的這些東西進行了一些變化，這就是奇門遁甲的第一次進化。
到了商朝的時候，有一個叫姜子牙的人，他在崑崙山上學會了奇門遁甲，後來因為商紂王殘暴無道，他看到西周有帝王氣象，所以在西周反抗商朝的時候，毅然加入了西周的隊伍，然後利用這奇門遁甲，將商朝推翻了，幫助周武王建立了周朝。姜子牙多次使用了這門法術以後，對這奇門遁甲也有了自己的感悟，他認為這些奇門遁甲實在是過於繁瑣，所以便將它們大大地簡化了，這就是奇門遁甲的第二次進步。後來，這奇門遁甲漸漸地消失在了世界上，沒有人知道它到底在哪裡。直到秦朝末年，才重新出現在了世上。
當時，有一個年輕人叫張良，有一次他碰見了一個老人，正坐在橋上，張良正要走過去，這時候，老人的鞋子掉在了橋下面，老人看見張良後，就很不客氣地讓張良去橋下撿鞋子，張良看見這個老人態度不好，正要發怒，但是又礙於老人年邁，所以便將怒氣忍住了，幫他把鞋子撿了起來。老人又讓張良把鞋子給他穿上，張良忍著怒氣將鞋子替他穿上了。老人站起身，沒有說一句話，就走了，但是走了幾步之後，又停了下來，然後讓張良五天以後的早晨在這裡等他。
五天後的早上，當張良來到約定的地方後，發現那個老人早就已經在了，老人有些生氣，對張良說：「你怎麼可以讓一個老人等你呢，五天以後，還是在這裡，來見我。」這一次，張良在晚上就出了門，來到了橋邊，而那個老人也隨之而來。老人看見張良，於是遞給他一本書，並且囑咐他好好研習，輔佐能夠成為帝王的人，這本書就是失傳很久的《奇門遁甲》。張良接過書，回去之後，便立即鑽研了起來，他認為這奇門遁甲還是太過於繁瑣，於是將它更加地精簡了，這便是奇門遁甲的第三次重大飛躍。而張良也利用這本書幫助劉邦建立了漢朝。
奇門遁甲的神奇之處，在章回小說《三國演義》也有提到，曹操率領八十萬大軍攻打吳國，看著曹操龐大的水軍，周瑜想要用火攻，但是因為現在的氣候原因，不可能有東風，周瑜也因為這件事情而病倒了。諸葛亮知道以後，便對周瑜說，他有辦法借來東風。周瑜聽了以後，便立即按照諸葛亮的吩咐，搭建了一個七星台，諸葛亮利用奇門遁甲，為周瑜借來了東風，從而打敗了曹操。雖然是虛構的故事，但也不難看出奇門遁甲的神奇之處。
奇門遁甲術並不是每個人都可以學的，在中國的歷史上，很多人都將這門術法當成是自己的絕學，不輕易傳授於他人，還有的人將這本書藏在山洞裡，只有有緣的人才能去發現，並且學習，現在市面上流傳的，很多都是假的。奇門遁甲的用途非常多，它不僅可以用在打仗上面，還能用在預測未來的事物發展，這本書可以說是古人模擬天、地、人、神這四種道法的工具。這奇門遁甲也可以說是模擬了宇宙的變化，十分地奇妙，讓人不禁感歎古代人的聰明才智。
